Index

A

add_differential_cell_types() (in module Seq_Sim.utils.seq_sim_utils) add_rows_for_diff_cells() (in module Seq_Sim.utils.seq_sim_utils)

apply_noise() (in module Seq_Sim.utils.seq_sim_utils) arg_parser() (in module Seq_Sim.utils.seq_sim_utils)

C

calculate_abundance() (in module Seq_Sim.utils.seq_sim_utils) calculate_diff_expression() (in module Seq_Sim.utils.seq_sim_utils) calculate_percent_variance_explained() (SOM.utils.som_utils.SOM method) calculate_topographic_error() (SOM.utils.som_utils.SOM method)

case_when() (in module Seq_Sim.utils.seq_sim_utils) combine_features() (in module Seq_Sim.utils.seq_sim_utils) create_celltype_dataframe() (in module Seq_Sim.utils.seq_sim_utils) create_directory_if_not_exists() (in module Seq_Sim.utils.seq_sim_utils) create_new_rows_for_cell_type() (in module Seq_Sim.utils.seq_sim_utils)

E

encode_categorical_columns() (in module Seq_Sim.utils.seq_sim_utils)

G

generate_all_features() (in module Seq_Sim.utils.seq_sim_utils) generate_and_save_features() (in module Seq_Sim.utils.seq_sim_utils) generate_cell_counts() (in module Seq_Sim.utils.seq_sim_utils) generate_cell_counts_for_subject() (in module Seq_Sim.utils.seq_sim_utils) generate_cell_types() (in module Seq_Sim.utils.seq_sim_utils) generate_cell_types_from_range() (in module Seq_Sim.utils.seq_sim_utils) generate_cluster_features() (in module Seq_Sim.utils.seq_sim_utils) generate_diff_cell_types() (in module Seq_Sim.utils.seq_sim_utils)

generate_disease_features() (in module Seq_Sim.utils.seq_sim_utils) generate_dummy_data_wo_interaction() (in module Seq_Sim.utils.seq_sim_utils) generate_feature() (in module Seq_Sim.utils.seq_sim_utils) generate_individual_features() (in module Seq_Sim.utils.seq_sim_utils) generate_major_cell_counts() (in module Seq_Sim.utils.seq_sim_utils) generate_pseudo_features() (in module Seq_Sim.utils.seq_sim_utils) generate_rare_cell_counts() (in module Seq_Sim.utils.seq_sim_utils) generate_variance() (in module Seq_Sim.utils.seq_sim_utils)

I

identify_diff_clusters() (in module Seq_Sim.utils.seq_sim_utils)

L

load_config() (in module Seq_Sim.utils.seq_sim_utils)

M

module Seq_Sim.utils.seq_sim_utils SOM.utils.som_utils

P

plot_categorical_data() (SOM.utils.som_utils.SOM method) plot_component_planes() (SOM.utils.som_utils.SOM method)

plot_map_grid() (SOM.utils.som_utils.SOM method) process_feature() (in module Seq_Sim.utils.seq_sim_utils)

S

save_data_to_csv() (in module Seq_Sim.utils.seq_sim_utils) Seq_Sim.utils.seq_sim_utils module

set_random_seed() (in module Seq_Sim.utils.seq_sim_utils) SOM (class in SOM.utils.som_utils) SOM.utils.som_utils module

T

train_map() (SOM.utils.som_utils.SOM method)

V

validate_arguments() (in module Seq_Sim.utils.seq_sim_utils)